Svätyňa so sakristiou a kaplnkou sv. Kataríny boli k chrámu pribudované v rokoch 1448 – 1458. Najimpozantnejším umeleckým dielom svätyne je hlavný krídlový oltár sv. Egídia, patróna chrámu i mesta. Pôvodný gotický oltár z roku 1486 bol po prevzatí chrámu evanjelíkmi nahradený v roku 1655 oltárom renesančným a tento zase počas regotizácie chrámu súčasným oltárom. Z pôvodného gotického oltára sa v chráme za-chovala iba plastika patróna chrámu sv. Egídia. Z renesančného oltára sa zachoval veľký obraz „Prebodnutie kopiou”, umiestnený dnes na stene severnej bočnej lode. Súčasný oltár je neogotický. Pochádza z dielne Mórica Hölzela, bardejovského akademického rezbára, ktorý ho zhotovil v rokoch 1883 – 1888 na návrh Imricha Steindla, profesora budapeštianskej univerzity. Monumentálna, bohato riešená polychromovaná architektúra oltára je 17 m vysoká. V strede je umiestnené tabernákulum, po jeho stranách sú v nikách scény z Nového zákona: po ľavej strane Zvestovanie, po pravej strane Narodenie. V strede oltárnej archy sú tri polychromované plastiky. V strede stojí socha sv. Egídia, opáta a patróna chrámu, po jeho pravici plastika sv. Štefana, prvého uhorského kráľa, po ľavici socha ďalšieho uhorského kráľa sv. Ladislava. V oltárnych krídlach sú osadené tabuľové maľby profesora a umeleckého maliara Júliusa Aggháziho z r. 1890. Pri otvorených krídlach vidíme na nich zobrazenie života sv. Egídia: na ľavej strane jeho mladosť, na pravej jeho rehoľný život. Nad oltárnou skriňou vytvoril autor arkádu. Súbor plastík v jej strednej časti predstavuje Slávnostný príchod Ježiša Krista do Jeruzalema na Kvetnú nedeľu. Kompozíciu stĺporadia dotvárajú štyria evanjelisti. Hlavný nadstavec oltára využil tvorca oltára k tomu, aby v ňom umiestnil malú Golgotu, po stranách základné piliere katolíckej Cirkvi sv. Petra a sv. Pavla. Oltár znázorňuje vykúpenie ľudstva. Začína v predele oltára Zvestovaním a Narodením a končí v štíte Ukrižovaním. Silu Cirkvi umocňuje v druhom rade aj osmica apoštolov: sv. Jakuba ml., sv. Ondreja, sv. Jakuba st., sv. Mateja, sv. Šimona, sv. Júdu Tadeáša, sv. Bartolomeja a sv. Tomáša. Lavice na oboch stranách svätyne boli pôvodne vyhradené pre mestskú radu. Pochádzajú z 15. storočia a boli zhotovené v gotickom slohu. Gotické vežičky boli v čase renesancie nahradené renesančným baldachýnom. Pri bočnom vchode do svätyne, v rohovom výklenku, je umiestnená gotická trojsedadlová lavica s erbom a letopočtom vzniku 1492. Podľa tradície sedával v tejto lavici mestský kat s pomocníkmi. Pôvodným stavebným prvkom z 15. storočia sú ťažké železné kované dvere vedúce do sakristie. Zachovala sa trojmiestna renesančná lavica z konca 16. storočia. Zdobia ju antické stĺpy, vykladané portály a bohatá renesančná strieška s letopočtom 1597. Nad sakristiou sa nachádza kaplnka sv. Kataríny, nazývaná tiež „Oratórium kráľa Mateja”. Odtiaľ počúval údajne kráľ Matej bohoslužby pri návštevách Bardejova. Nad oblúkom Oratória je pod pätkou klenby umiestnený hautreliéf hlavy farára Eduarda Kaczvinszkého, iniciátora veľkej reštaurácie chrámu v rokoch 1879 – 1898.