Bohato zdobená mreža oddeľuje kaplnku Panny Márie od južnej lode. Kaplnka sa nazýva tiež kaplnkou Veroniky Magerovej (podľa fundátorky), ale i kaplnkou Serédyho, podľa v nej umiestneného epitafu Juraja Serédyho, prívrženca cisára Ferdinanda I., majiteľa neďalekého zborovského hradu a panstva Makovica. Náhrobok tvorí poloreliéf Serédyho postavy v brnení, so zástavou v pravici a s nohou na premoženom levovi. Reliéfova tabuľa je obložená šiestimi mramorovými tabuľami s veršovanými epigrafmi. Gotická socha sv. Egídia z prvého gotického hlavného oltára, dielo Jakuba Sandeckého z Krakova z roku 1466, dotvára východnú stenu kaplnky.

V polygonálnej časti kaplnky stojí krásny mariánsky oltár z roku 1489. V oltárnej skrini je umiestnená socha Panny Márie s dieťaťom na rukách, zobrazená ako kráľovná s kráľovskými insigniami. Oltárne krídla nemajú z frontálnej časti maľby, ale reliéfy. Znázorňujú jednotlivé udalosti zo života Panny Márie: Zvestovanie, Navštívenie, Narodenie a Poklonu mudrcov.